故事产生在与伯利亚银河帝国的战役结束一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一路踏上了新的战役路程。

在行星布拉姆附近忽然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机械人并制作出了最强的超级机械人军团。为了阻止它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。