《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事首要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学时代的日常故事。在这一季中朋友们举办了学园祭、履历了转学风波、同时也有教员们和家长们的忧心。

小警车小治怀着警察胡想来到新都汇寻觅失落的爸爸大卡，在过程当中结识了清洁车嘟嘟、救护车小芸、工程车阿特和消防车大雷等同伙，但却不测的卷入一场破坏城市交通的庞大阴谋中，小治带着寻觅爸爸的决心，和伙伴们起头了匹敌邪恶权势的征…

　　温氏横行，生灵涂炭。江湖仙门烈士策动“射日之征”，协力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功绩，却因修非常道且过分壮大而遭人忌惮坑害，致万人咒骂，被情同骨肉的师弟带人端了老巢，身陨形灭……　　十三年后…

一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为门生，经过五年耐劳修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，路程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方期待着他。