有 230 万生齿，此中八成生齿为学生的「学园都市」，是比其他地域科技更为先进，并从事「超能力开发」的特别地域。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，因为她的能力与个性使然，因此被卷入了学园都市中所产生的种种…

由于违反了宿舍规定而被逐出居处的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫漂泊在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果真，连续不断出现的怪人让空太加倍确信了流言的可托度，但在相处的同时，…

新的学期起头了，外表凶恶但心里纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心行使重新分班的机遇一扫昔日同窗对他的误解。更让他高兴的是，自己行将和暗恋了一年不足的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同窗。除此以外，还有多年的死党北…