如月学园方才结束了一年一度的文化祭美满落下帷幕，高二学生中岛直美（生驹里奈暂无内容饰）和两小无猜持田哲志（池冈亮介暂无内容饰）等人还留在教室里，朋友们恋恋不舍，都想在黉舍里多待一会儿。这时，突然响起一个炸雷，吓得朋友们连…

　　U. C.0097时期，“拉普拉斯事项”的纷争终结后，2架独角兽高达被奥秘封印，新吉翁残党“袖章”也随之崩溃。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失落两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序气力的它马上激发了地球联…