故事从传说中的夸克族与暗黑族起头延长。仁慈与邪恶形成两权势匹敌，进入「萌学园」里的萌骑士联结在一路珍爱结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的奥秘？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑…

　　一天，月亮在这个学园酿成了红色的，一切都变了，本来气力壮大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，失慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气味连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑权势吗？

　　萌骑士团与阇黑大战以后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻睁开治疗驶卷使微小的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮手。　　相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺…

萌学园，传说成立的时候是在地球诞生的年月，是一所由夸克族人组成的魔法黉舍，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖暂无内容饰）、炎之星（刘书宏暂无内容饰）、智之星（林奕勋暂无内容饰）、十之星（阿本暂无内…