U. C.0097时期，“拉普拉斯事项”的纷争终结后，2架独角兽高达被奥秘封印，新吉翁残党“袖章”也随之崩溃。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失落两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序气力的它马上激发了地球联…