《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事首要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学时代的日常故事。在这一季中朋友们举办了学园祭、履历了转学风波、同时也有教员们和家长们的忧心。

一只古老的面具打破了神秘世界族民们的安静的生活，一场不成避免的战争行将爆发！为阻止这场战争，新族长啦啦请人类世界的密友王雨果回来帮手，调皮的雨果却将爸爸王大山带入了神秘世界。面对方圆突如其来的转变和对未知的惧怕，爱女心切…

在一个为青山绿水环抱的小村落内，村民们过着安好祥和的生活。调皮捣鬼的小女孩王雨果和爸爸大山栖身在这里，可是她过分活跃的性情不但令父亲和村民们头疼，连四周的小动物都惟恐避之不及。在一次追逐野猪的游戏中，雨果险遭之外，并不测…

　　这个星球被DS（达摩克里斯）科技戎行占领，强AI（野生智能系统）是这个戎行的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测将来）的马三、神秘女子洛凝和革新人翎以及黑客小海一…